Sugetier-Transkriptom-Komplexitt Charakterisieren

In meiner Doktorarbeit beschrieb ich eine gro angelegte RT-PCR- und Klonierungspipeline, die ich entwickelt habe, um mehrere tausend cDNA-Klone von Sugetieren (hauptschlich Menschen und Muse) in voller Lnge fr die NHGRI/NCI-Sammlung von Sugetiergenen zu erhalten. Zu diesem Zeitpunkt waren die Schichten der Sugetiertranskriptom-Komplexitt noch nicht vollstndig konzipiert. In diesem Projekt beschftigte ich mich intensiv mit strategischen und konzeptuellen Fragen der Charakterisierung der Transkriptomkomplexitt auf verschiedenen Ebenen. Mit Hilfe der RT-PCR-Pipeline in Kombination mit Genvorhersage-Algorithmen, die vergleichende genomische Informationen nutzen, gelang es uns, neue Sugetiergene wie Homologe menschlicher Krankheitsgene in voller Lnge aus Ratten zu identifizieren und experimentell zu verifizieren. Darber hinaus untersuchte ich die Transkriptomkomplexitt einschlielich SNPs und alternatives Spleien in Leukmieproben mittels quantitativer PCR, und wir entwickelten eine Spurenanalyse-Technologie zur Identifizierung mehrerer alternativ gespleiter Transkripte in einer einzigen Sequenzierungsreaktion. Meine Ergebnisse legten nahe, dass alternativ gespleite Transkripte eine krebstypspezifische Auf- oder Abwrtsregulation zeigen, und das Verhltnis der alternativ gespleiten Isoformen knnte dem Krebsmechanismus zugrunde liegen.