CharakteryzujĄ SiĘ ZloŻonoŚciĄ TranskryptomalnĄ Ssakw

W mojej pracy doktorskiej opisaem zakrojony na szerok skal RT-PCR i potok klonowania, ktry opracowaem w celu uzyskania kilku tysicy penowymiarowych klonw cDNA ssakw (gwnie ludzi i myszy) dla potrzeb NHGRI/NCI Mammalian Gene Collection. W tym czasie, warstwy zoonoci transkryptomu ssakw nie byy jeszcze w peni opracowane. W tym projekcie byem gboko zaangaowany w kwestie strategiczne i konceptualne przy charakteryzowaniu zoonoci transkryptomw z rnych poziomw. Wykorzystujc rurocig RT-PCR w poczeniu z algorytmami przewidywania genw, ktre wykorzystuj porwnawcze informacje genomowe, z powodzeniem zidentyfikowalimy i zweryfikowalimy eksperymentalnie nowe geny ssakw, takie jak penometraowe homologi genw chorb ludzkich. Ponadto, badaem zoono transkryptomw, w tym SNP i alternatywne splatanie w prbkach biaaczek przy uyciu ilociowego PCR i opracowalimy technologi analizy ladowej w celu zidentyfikowania wielu alternatywnych splatanych transkryptw w jednej reakcji sekwencyjnej. Moje wyniki sugeruj, e alternatywnie splecione transkrypty wykazuj specyficzn dla raka regulacj w gr lub w d, a stosunek alternatywnych splecionych izoform moe stanowi podstaw mechanizmu nowotworowego.