Montagem ab initio de genoma bacteriano

As tecnologias de sequenciamento de nova gerao geram um grande volume de dados, a um custo reduzido, realidade essa inimaginvel com sequenciamento de Sanger, e com isso diversos desafios computacionais surgiram, dentre estes a montagem ab initio, um dos desafios que merece destaque, pois logo que as tecnologias de nova gerao surgiram com leituras curtas variando de 25 a 100 pb, a comunidade cientfica se mostrou incrdula quanto a possibilidade de montarmos genomas ab initio utilizando somente essas leituras curtas. Este trabalho tem como principal objetivo demonstrar que possvel montar um genoma bacteriano utilizando somente leituras curtas pareadas de 25 nt. Foi desenvolvida uma estratgia hbrida que combina os contigs das melhores montagens ab initio obtidas pelas metadologias de grafo de Bruijn e Overlap Layout Consensus, aps essa etapa os contigs so ordenados e orientados baseado em um genoma de referncia, gerando um scaffold preliminar, em seguida os gaps presentes neste scaffold sejam fechados in silico. Para validao da estratgia foi utilizando o genoma da bactria Corynebacterium pseudotuberculosis.